В 1926 году было создано архивное бюро при Каракольском кантональном исполнительном комитете. В 1930 г. архивисты собрали 14 522 архивных документа из 127 фондов. В 1940-х и 1950-х годах действовал Пржевальский районный архив. На основе административно-территориальных изменений в 1939 году было создано Архивное управление НКВД, а в 1944 году - Иссык-Кульский областной государственный архив. С 1960 года в связи с упразднением Иссык-Кульской области был упразднен и областной архив и был создан Пржевальский городской архив.
В 1965 году на базе Пржевальского городского, Тюпского и Джеты-Огузского районных архивов был создан филиал Центрального государственного архива в г. Пржевальске.
В 1971 году Иссык-Кульская область была воссоздана, и с этого времени начал действовать архивный отдел Иссык-Кульского облисполкома, а филиал Центрального государственного архива в Пржевальском был переименован в архивный отдел Иссык-Кульского облисполкома в Управление архивов и документов. В 2006 году функции отдела архивов и документов будут переданы Иссык-Кульскому областному государственному архиву.
На основании решения Совета Министров Киргизской ССР №227 от 14 июля 1977 года в районах и городах Иссык-Кульской области были созданы объединенные межведомственные архивы по личному составу (ОМАЛС). С 1994 года стали называться районными, городскими архивами и начали комплектоваться документами постоянного срока хранения. На основании постановления Правительства Кыргызской Республики № 264 от 29 апреля 2002 года, районным, городским архивам был присвоен статус “государственный архив”.
В Иссык-Кульской области работают – областной архив, 5 районных и 2 городских государственных архивов.
На основании приказа №73 от 2022 года 8 июля Архивной службы при Министерстве цифрового развития Кыргызской Республики Иссык-Кульский областной государственный архив был переименован в Иссык-Кульское региональное управление Архивной службы.
В настоящее время в архивах Иссык-Кульской области хранятся 2 083 фондов, 345338 единицы хранения. Из них 199088 документов постоянного хранения, 146250 документов по личному составу и более 2500 фотодокументов.