В Нарынской области 13 сентября 1928 года постановлением Центрального исполнительного комитета (ЦИК) «Об организации архивного бюро при кантонных и районных исполнительных комитетах» была заложена основа для развития архивного дела. В октябре 1928 года при Нарынском кантонном исполнительном комитете был организован Нарынский кантонный архив.
Протоколом правительственной комиссии от 13 сентября 1930 года №5 Нарынский районный кантонный архив перешел в ведение Нарынского районного исполнительного комитета.
Постановлением Центрального исполнительного комитета Киргизской АССР от 18 июня 1931 года Нарынский районный архив был переименован в Нарынский районный архив, на который было возложено ведение архивного дела соседних Сталинского и Ат-Башинского районов.
На основании постановления Президиума Верховного Совета Киргизской ССР от 10 сентября 1938 года 17 декабря 1938 года архивная сеть перешла в ведение НКВД.
После образования Тянь-Шаньской области Указом Президиума Верховного Совета Киргизской ССР от 21 ноября 1939 года постановлением Совета Народных Комиссаров Киргизской ССР от 26 января 1940 года №81 «Об образовании областных архивных управлений в Киргизской ССР» было создано Тянь-Шаньское областное архивное управление, в которое вошли и находились в его ведении архивы Ак-Талинского, Ат-Башинского, Жумгальского, Кочкорского, Нарынского, Тогуз-Тороуского районов.
Приказом НКВД Киргизской ССР от 29 августа 1944 года №00131 был создан архивный отдел и создан Тянь-Шаньский областной государственный архив с 6 сотрудниками.
Постановлением Совета министров Киргизской ССР от 29 июня 1960 года архивный отдел был выведен из состава МВД Киргизской ССР и реорганизован в архивный отдел при Совете министров Киргизской ССР. Стал областным государственным архивом при областном исполнительном комитете.
В связи с ликвидацией Тянь-Шаньской области в соответствии с постановлением Совета министров Киргизской ССР от 15 апреля 1963 года №170 Тянь-Шаньский областной архив был объединен с Нарынским городским государственным архивом и постановлением Совета министров Киргизской ССР №561 от 19 декабря 1964 года стал филиалом Центрального государственного архива Киргизской ССР. А в связи с реорганизацией Нарынской области приказом Совета министров Киргизской ССР от 14 мая 1971 года филиал был переименован в Нарынский областной государственный архив.
В 1988 году в связи с объединением Нарынской области с Иссык-Кульской областью приказом главного архива Киргизской ССР от 12 октября 1988 года стал филиалом Иссык-Кульского областного государственного архива.
Нарынская область была вновь образована 14 декабря 1990 года постановлением Верховного Совета Киргизской ССР, в 1991 году Нарынский областной государственный архив был в подчинении Нарынского областного Совета народных депутатов. В 1992 году при Нарынской областной государственной администрации было создано областное управление архива и документации, в ведение которого перешли областной государственный архив и районные архивы.
Постановлением Правительства Кыргызской Республики от 19 сентября 1994 года №713 «Об основных принципах формирования типовых штатов бюджетных учреждений и организаций» и распоряжением государственной администрации Нарынской области от 5 мая 1995 года №58а-Р областное управление архивов и документации было ликвидировано, а областной государственный архив стал самостоятельным областным учреждением с функциями управления.
В соответствии с Указом Президента Кыргызской Республики «Об оптимизации структуры государственных органов Кыргызской Республики» от 30 ноября 2005 года №607 и постановлением Правительства Кыргызской Республики от 14 декабря 2005 года №586 Нарынское областное управление архивов и документации было ликвидировано, областной государственный архив реорганизован в самостоятельное областное учреждение с добавлением функций управления.