1926-жылдан баштап Каракол кантондук Аткаруу комитетине караштуу архив бюросу түзүлгөн. 1930-жылы архивчилердин күчү менен 127 фонддон турган 14 522 сактоо бирдиктеги архивдик документтер топтолгон. 1940-1950-жылдары Пржевальск райондук архиви иш алып барган. Административдик-аймактык өзгөрүүлөрдүн негизинде 1939-жылы НКВДнын Архив бөлүмү түзүлүп, 1944-жылы Ысык-Көл облустук мамлекеттик архиви уюшулган. 1960-жылдан баштап Ысык-Көл облусунун жоюлгандыгына байланыштуу облустук архив да жоюлуп, Пржевальск шаардык архиви түзүлгөн.
1965-жылы Пржевальск шаардык, Түп жана Жети-Өгүз райондук архивдеринин базасында Борбордук мамлекеттик архивинин Пржевальскидеги филиалы уюшулган.
1971-жылы Ысык-Көл облусу кайрадан тузүлүп, ушул мезгилден баштап Ысык-Көл облустук Аткаруу комитетинин архив бөлүмү иш жүргүзө баштаган жана Борбордук мамлекеттик архивинин Пржевальскидеги филиалы Ысык-Көл облустук Аткаруу комитетинин архив бөлүмү Архивдер жана документтер башкармасы болуп өзгөртүлгөн. 2006-жылы Архив жана документтер башкармасынын функциясы Ысык-Көл облустук мамлекеттик архивине жүктөлөт.
Ысык-Көл облусунун район шаарларында 1978-жылы Кыргыз ССР Министрлер Советинин 1977-жылдын 14-июлундагы №277 чечиминин негизинде өздүк курам боюнча ведомстволор аралык биргелешкен архивдер уюшулган. 1994-жылдан баштап райондук, шаардык архивдер деп аталып, туруктуу сакталуучу документтер топтоло баштаган. Кыргыз Республикасынын Өкмөтүнүн 2002-жылдын 29-апрелиндеги №264 токтомунун негизинде райондук, шаардык архивдерге “мамлекеттик архив” деген статус берилген.
Ысык-Көл облусунда облустук, 5 райондук жана 2 шаардык мамлекеттик архивдери бар.
2022-жылдын 8-июлунда №73 буйругунун негизинде Кыргыз Республикасынын санариптик өнүктүрүү министрлигине караштуу Архив кызматынын Ысык-Көл региондук башкармалыгы деп аталып калды.
Учурда Ысык-Көл облустук архивдеринде 2083 фонддон турган 345338 көктөмөдөн турган, 146250 өздүк курам боюнча документтер сакталууда жана 2500дөн ашуун фотодокументтер бар.