Кыргызстандын Мамлекеттик архив кызматынын системасын түзүү 1926-жылдын 30-августунда башталган, ошол мезгилде мамлекеттик бийликтин жогорку органы болгон Кыргыз автономиялык облусунун Облисполкому "(КАОда) архив ишин уюштуруу жана (КАОнын) аймагында жайгашкан мекемелердин алдында архивдик материалдарды тартипке келтирүү жөнүндө" токтом кабыл алынган.
Ушул токтомго ылайык, 1926-жылдын 1-сентябрында КАОнун облисполкомунун алдында Кыргызстанда Архив бюросу түзүлүп архив ишин уюштуруу милдети жүктөлгөн. Райондордогу архив ишин округдук аткаруу комитеттери башкарган, алар менен архив бюросу тыгыз байланышта болгон. Алардын милдети бардык мекемелерде болгон архивдик материалдарды аныктоо жана эсепке алуу жана бул материалдардан жергиликтүү Бирдиктүү мамлекеттик архив фондун түзүү болгон.
1927-жылдын март айында Кыргыз АССР Борбордук Аткаруу Комитетине караштуу Архив бюросу Борбордук архив башкармасы (Кыргыз АССРинин Борбордук архиви) болуп өзгөртүлгөн. 1929-жылдын 2-февралында Кыргыз АССРинин БШКнын (БАКнин) Президиуму тарабынан бекитилген Жобого ылайык, республиканын аймагында архив органдарынын тармагын уюштуруу, кийинкиге калтырылган архивдик материалдарды табуу, эсепке алуу жана топтоо милдети жүктөлгөн. аймагындагы архив органдарынын тармагын уюштуруу, кийинкиге калтырылган архивдик материалдарды табуу, эсепке алуу жана топтоо Борбордук архивге жүктөлгөн.
1929-жылдын 2-февралында Кыргыз АССРинин Борбордук Аткаруу Комитетинин Президиуму тарабынан бекитилген Жобого ылайык, Республиканын аймагында архив органдарынын тармагын уюштуруу, сактоого коюлган архивдик материалдарды аныктоо, эсепке алуу жана топтоо Борбордук архивге тапшырылган.
Борбордук архивдин түзүмүнө Октябрь революциясынын архиви жана Тарыхый архив кирген. Алар чогулткан архивдик материалдар кийин республиканын ири архиви – Борбордук мамлекеттик архивдин фондуна кирген. Ошол эле мезгилде округдарда жана кантондордо Архивдик бюролор түзүлгөн. Алар тийиштүү аткаруу комитеттерине баш ийип, архивдик документтерди чогултуу жана баяндоо менен алектенишкен. Республикада Ош округдук архив бюросу, Фрунзе, Каракол, Нарын, Талас кантархивдери иштеген
1930-жылы райондордун жана кантондордун жоюлушуна байланыштуу Кыргызстанда райондордун түзүлүшүнө байланыштуу архивдик мекемелер Ош, Каракол шаардык жана Нарын райондук архивдер болуп кайра түзүлүп, Фрунзе жана Талас кантархивдери Борбордук архивине кошулган. Ар бир райондо архив иши райондук аткаруу комитеттеринин катчыларынын милдеттерине киргизилген.
1931-жылдан баштап шаардык жана райондук архивдердин тармагы базалык уюмдар катары кеңейтилип, Каракол, Нарын, Токмак, Жалал-Абад, Ош, Сүлүктү шаарларында жана Дмитриевка айылында өз алдынча архив мекемелери катары көрсөтүлгөн.
1931-1937-жылдар аралыгында документтердин курамы өзгөрүлмө райондук архивдер түзүлүп алардын жалпы саны 45ке жеткен.
Кыргыз ССР Жогорку Советинин Президиумунун 1938-жылдын 10-сентябрындагы токтомуна ылайык Борбордук архив башкармалыгы Кыргыз ССР Ички иштер Элдик Комиссариатынын карамагына өткөрүлүп, калган архив мекемелери ИИЭКнын тийиштуу жергиликтуу органдарына баш ийген.
Кыргыз ССР Ички иштер Элдик Комиссариатынын 1939-жылдын 20-майындагы № 270 буйругу менен Борбордук архив башкармалыгы Кыргыз ССР ИИЭКнын Архив башкармалыгы болуп кайра түзүлүп, ага Республикалык (Борбордук) мамлекеттик архиви жана жергиликтүү архив мекемелери баш ийген.
Кыргыз ССРинде административдик-территориялык бөлүнүүнү реформалоо жана беш облустун түзүлгөндүгүнө байланыштуу Фрунзе, Ош, Жалал-Абад, Ысык-Көл жана Тянь-Шань областтык аткаруу комитеттеринин алдында областтык архив башкармалары түзүлгөн. Кыргыз ССР Эл Комиссарлар Советинин 1940-жылдын 26-январындагы № 81 токтому менен областтык мамлекеттик архивдер структуралык бирдик катары киргизилген. 1944-жылдан баштап алар өз алдынча мекеме болуп калышкан.
Кыргыз ССР Совнаркомунун 1941-жылдын 8-августундагы № 746 токтомуна ылайык, Фрунзе шаарында фонофотокинодокументтердин Борбордук мамлекеттик архиви уюштурулган, ал 1958-жылы Кыргыз ССРинин Борбордук мамлекеттик архиви менен бириктирилген, ал эми 1972-жылы кайрадан өз алдынча Борбордук кинофотофонодокументтердин мамлекеттик архиви болуп түзүлгөн.
1944-жылы Талас районунун түзүлүшү менен Талас облустук мамлекеттик архиви уюшулган. Облустук архивдер менен катар райондук жана шаардык архивдер ишин улантышкан.
Кыргыз ССР Министрлер Советинин 1960-жылдын 29-июнундагы № 346 токтому менен Кыргыз ССР Ички иштер министерствосунун архив башкармасы Кыргыз ССР Министрлер Советинин алдындагы Архив башкармалыгы болуп кайра түзүлгөн, областтык Советтердин аткаруу комитеттеринин ИИБнын архив бөлүмдөрү областтык мамлекеттик архивдер менен бириктирилген.
Республиканын администрациялык-аймактык бөлүнүшүнүн өзгөрүшүнө байланыштуу Мамлекеттик архив кызматынын түзүмү да өзгөргөн. 1963-жылы Ысык-Көл, Жалал-Абад, Тянь-Шань, Талас, Фрунзе облустарынын жоюлушуна байланыштуу республикада Борбордук Мамлекеттик архив жана бир гана Ош облустук архив иштеп турган. Ушуга байланыштуу документтердин өзгөрүлмөлүү курамы райондук жана шаардык архивдер туруктуу курамы бар райондук жана шаардык мамлекеттик архивдерге өзгөртүлгөн. Жалпысынан 21 райондук, 9 шаардык архив болгон.
Республикада архив иштерин уюштурууну жакшыртуу максатында Кыргыз ССР Министрлер Советинин 1964-жылдын 19-декабрындагы № 561 Жарлыгы менен Архив башкармасы Кыргыз Республикасынын Министрлер Советине караштуу Архив башкармасы болуп өзгөртүлгөн. Ошондой эле Мамлекеттик архивдердин тармагы да кайра уюштурулган: - райондук жана шаардык архивдердин ордуна Борбордук мамлекеттик архивдин 8 филиалы жана Ош облмамархивинин 8 филиалы түзүлгөн.
Кыргыз ССР Министрлер Советинин 1968-жылдын 4-апрелиндеги № 121 токтомуна ылайык мамлекеттик архивдердин иштеп жаткан тармагы кеңейтилип, бардыгы болуп 9 архив калган: Кант айылы, Калинин айылы, Пржевальск, Талас жана Нарын шаарларында филиалдары менен Борбордук мамлекеттик архив жана Ош областтык мамлекеттик архиви Жалал-Абад жана Кызыл-Кыя шаарларында филиалдары менен. Алардын базасында административдик-аймактык өзгөрүүлөргө ылайык 1990-жылга карата Нарын, Ысык-Көл, Талас жана Жалал-Абад облмамархивдери калыбына келтирилген.
Кыргыз ССР Министрлер Советинин 1987-жылдын 6-ноябрындагы № 510 токтому менен Кыргыз ССРинин Борбордук мамлекеттик илимий-техникалык документтердин архиви Кыргыз ССРинин Борбордук мамлекеттик архивинен өз алдынча архив катары бөлүнгөн, бирок Кыргыз ССР Министрлер Советинин 1990-жылдын 3-июлундагы токтомунун негизинде жоюлуп, анын документтери кайрадан Борбордук мамлекеттик архивине өткөрүлүп берилген.
СССР кулап, 1991-жылы Советтер Союзунун Коммунисттик партиясынын ишмердүүлүгү токтогондон кийин Кыргызстан Компартиясынын мурдагы архивдери мамлекеттик архив кызматынын системасына кошулган. Кыргызстан Республикасынын Министрлер Кабинетинин 1991-жылдын 9-декабрындагы № 568 токтому менен Кыргызстан Компартиясынын Борбордук Комитетинин (КП БКнин) алдындагы Партия тарыхы институтунун партархиви Борбордук мамлекеттик саясий документтердин архиви болуп Оштогу филиалы менен кайра түзулгөн. Алардын милдети - коммунисттик партия менен комсомолдун, азыркы кездеги коомдук-саясий уюмдардын документтерин сактоо жана пайдалануу болуп саналат.
1992-жылы Чүй облусунун уюштурулушу менен Чүй облустук мамлекеттик архиви түзүлгөн, 1999-жылы Баткен облусу түзүлгөндөн кийин Ош облустук мамлекеттик башкармалыгынын Кызыл-Кыя филиалынын базасында Баткен облустук мамлекеттик архиви түзүлгөн. Филиалдын архивдик документтери Кызыл-Кыя шаарынан Баткен шаарына жеткирилген.
1975-жылы Нарын областтык аткаруу комитетинин чечиминин негизинде Нарын шаарында жана областтын райондорунда өздүк курамы боюнча иш кагаздарын борборлоштурулган, эсепке алуу жана сактоо максатында бирдиктүү ведомстволор аралык өздүк курам архивдери (БВАӨКА) уюшулган. Кийинчерээк Кыргыз ССР Министрлер Советинин 1977-жылдын 14-июлундагы № 377 токтомунун негизинде мындай архивдер республиканын бардык шаарларында жана райондорунда уюштурулган.
90-жылдары бюджеттик каржылоого өткөндүгүнө байланыштуу бул архивдер өздүк курамынын негизинде райондук, шаардык архивдер деп атала баштаган. Кыргыз Республикасынын Өкмөтүнүн 2002-жылдын 29-апрелиндеги № 264 токтому менен алар мамлекеттик архив статусун алышкан. Мүмкүнчүлүккө жараша райондук жана шаардык мамлекеттик архивдер туруктуу сакталуучу документтер менен толуктала баштады.
2003-жылдан тартып "Ош шаарынын статусу жөнүндө" Кыргыз Республикасынын Мыйзамы кабыл алынгандыгына байланыштуу Ош шаардык мамлекеттик архиви архив ишин башкаруу республикалык органына түздөн-түз баш ийишкен, дагы бир катар кайра өзгөртүүлөргө да дуушар болгон. Кыргыз ССР Министрлер Советинин 1980-жылдын 29-сентябрындагы № 507 токтому менен Кыргыз ССР Министрлер Советинин алдындагы Архив башкармасы Кыргыз ССР Министрлер Советинин алдындагы Башкы архив башкармасына өзгөртүлгөн.
Республикалык архив башкармасы 1991-жылга чейин административдик жактан Кыргыз ССР Министрлер Советине, ал эми функционалдык жактан СССР Министрлер Советине караштуу Архивдик башкы башкармалыгына баш ийген. Кыргызстандын мамлекеттик көз карандысыздыкка ээ болушу менен Кыргызстан Республикасынын Министрлер Кабинетинин 1991-жылдын 13-сентябрындагы токтому менен Кыргыз ССР Министрлер Советине караштуу Башкы архив башкармалыгы Кыргызстан Республикасынын министрлер кабинетине караштуу Башкы архив башкармалыгы болуп кайра түзүлгөн. 1992-жылдын 10-февралындагы Кыргызстан Республикасынын Президентинин жарлыгынын негизинде Кыргызстан Республикасынын Өкмөтүнө караштуу Мамлекеттик архив агенттиги (1994-жылдан Кыргыз Республикасынын Өкмөтүнө караштуу) болуп кайра түзүлгөн. Кыргыз Республикасынын Президентинин 1998-жылдын 3-апрелиндеги № 92 Жарлыгы менен - Кыргыз Республикасынын Билим берүү, илим жана маданият министрлигине караштуу Архив департаменти. Кыргыз Республикасынын Билим берүү жана маданият министрлигинин 2001-жылдын 16-апрелиндеги №164/1 буйругуна ылайык - Кыргыз Республикасынын Билим берүү жана маданият министрлигине караштуу Архив башкармалыгы. Кыргыз Республикасынын Президентинин 2003-жылдын 11-июнундагы Жарлыгынын негизинде - Кыргыз Республикасынын Өкмөтүнө караштуу Кыргыз Республикасынын Мамлекеттик архив кызматы. Кыргыз Республикасынын Президентинин 2005-жылдын 15-октябрындагы № 462 Жарлыгы менен Кыргыз Республикасынын Өкмөтүнө караштуу Кыргыз Республикасынын Мамлекеттик архив кызматы Кыргыз Республикасынын Өкмөтүнө караштуу Мамлекеттик архив агенттиги. Кыргыз Республикасынын Президентинин 2007-жылдын 16-мартындагы №96 Жарлыгы менен Кыргыз Республикасынын Маданият жана маалымат министрлигине караштуу Мамлекеттик архив агенттиги болуп өзгөртүлгөн. Кыргыз Республикасынын Президентинин 2009-жылдын 26-октябрындагы № 425 Жарлыгы менен архив кызматы Кыргыз Республикасынын Өкмөтүнө караштуу Мамлекеттик каттоо кызматынын алдындагы Архив агенттиги болуп кайра түзүлгөн.
1992-жылдан 2005-жылга чейин облустук, райондук жана шаардык архивдер облустук мамлекеттик администрацияларга караштуу архивдер жана документтер башкармалыктарынын карамагында болушкан.
Кыргыз Республикасынын Президентинин 2005-жылдын 30-ноябрындагы №607 «Кыргыз Республикасынын мамлекеттик органдарынын түзүмүн оптималдаштыруу жөнүндө» Жарлыгына ылайык облустук башкармалыктар жоюлуп, алардын функциялары областтык мамлекеттик архивдерге өткөрүлүп берилген.
Учурда Кыргыз Республикасында 65 мамлекеттик архив иштейт: 3 борбордук, 8 облустук (2 Ош облусунда), 53 райондук жана шаардык мамлекеттик архив, 1 аймактык архив (Чүй областындагы Суусамыр).
Борбордук, областтык (Ош мамлекеттик саясий документтер архивинен тышкары) мамлекеттик архивдер, ошондой эле Бишкек жана Ош шаардык мамлекеттик архивдери түздөн-түз Кыргыз Республикасынын Өкмөтүнө караштуу Мамлекеттик архив агенттигине баш ийет. Калган шаардык, райондук мамлекеттик архивдер, Ош мамлекеттик саясий документтер архиви, Чүй облустук мамлекеттик архивинин Жайыл филиалы жана Суусымыр аймактык архиви облустук мамлекеттик архивдердин карамагында.
Кыргыз Республикасынын Министрлер Кабинетинин 15-ноябрындагы 2021-жылдын № 257 токтомунун негизинде Архив кызматы Кыргыз Республикасынын Санариптик өнүктүрүү министрлигинин ведомстволук бөлүмү болуп саналат.